Samé od seba ikony nemôžu zmiznúť.
Zrejme ich máš len niekde nejakým nedopatrením presunuté/schované v priečinku. Treba ich manuálne nájsť a dať na svoje miesto.
Prípadne ak ich potrebuješ len spustiť, môžeš cez Spotlight, čím sa zároveň presvedčíš že v telefóne sú (minimálne App Store — ten nejde odstrániť).